Desconocemos la fecha de construcción de la primitiva ermita, pero por su advocación a San Sebastián -protector contra las enfermedades y epidemias- y su ubicación extramuros de la población, se supone que puede datar de época fernandina o del último tercio del s. XIV. Poco después de la llegada de la peste negra a la localidad, sirvió de parroquia hasta mediados del S. XVII, fecha en la que la actual Iglesia se reformó y provocó poco a poco el abandono de este edificio. Podemos destacar su portada barroca adintelada con frontón partido por una hornacina flanqueada por volutas, con sendos pináculos laterales y uno central, además de la espadaña rematando el conjunto. 
 
Este edificio ha pasado por diversos avatares históricos, de manera que ha sido utilizada como escuela a principios del s. XX, como cárcel tras la Guerra Civil y como almacén de cereales. En 1973 sufre su última reforma exterior, con la que adquiere su imagen actual. En 1992 fue la última remodelación del interior del templo. Hoy en día comparte advocación con Ntra. Sra. del Rosario, patrona de la localidad, cuya imagen alberga.